Eddy Merckx ha rivoluzionato il ciclismo con un approccio scientifico, introducendo allenamenti basati su dati fisiologici e nutrizione mirata. La sua influenza ha portato a miglioramenti nelle biciclette, come telai più leggeri e ruote aerodinamiche, tramite la sua azienda "Eddy Merckx Cycles". Ha anche reso popolare strategie come gli attacchi a lunga distanza, adottate da squadre moderne in eventi come il Tour de France.

L'eredità di Eddy Merckx include l'innovazione tecnologica, come la creazione di marchi di biciclette "Eddy Merckx Cycles", e l'impatto sulla formazione giovanile attraverso accademie di ciclismo. Ha ispirato campioni come Miguel Indurain con metodi di allenamento basati su resistenza e mentalità vincente. Merckx è ancora attivo come ambasciatore del ciclismo, promuovendo eventi come il "Merckx Gran Fondo" in Europa.